پایگاه کتب عمومی:
پایگاه کتب عمومی و یا مخزن اصلی، بزرگترین مخزن کتاب کتابخانه زهرائیه بوده و با بیش از 50هزار عنوان کتاب (فارسی و عربی) آماده خدمت رسانی به همشهریان عزیز می باشد. علاقه مندان می توانند با عضویت در کتابخانه، کتب این بخش را به امانت ببرند. این بخش موضوعاتی متنوع در حوزه های مختلف علوم از قبیل: ادبیات، تاریخ، جغرافیا، مذهب، سیاست، اقتصاد، فرهنگ و… را شامل می شود.
تست و کمک درسی:
مخزن کتب تست و کمک درسی دارای حدود ۳ هزار کتاب است که برای مقاطع دبیرستان، هنرستان، کاردانی، کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری قابل استفاده می باشد. نحوه امانت بردن کتب این بخش نیز همانند پایگاه کتب عمومی است. در این بخش سعی شده است انواع کتابهای ناشران مطرح کشور در زمینه تست و کمک درس تهیه گردد. کتب آمادگی برای المپیادهای علمی و آزمون های استخدامی نیز در این بخش نگهداری می شود.
مخزن کتب مرجع:
حدود 3هزار عنوان از کتب مرجع در تالار مرجع کتابخانه گردآوری شده است. به دلیل مرجع بودن این کتب امکان امانت بیرونی آنان میسر نبوده و مراجعین محترم می توانند در محل کتابخانه از این کتب استفاده نمایند. کتب مرجع از قبیل دائره المعارف ها، انواع فرهنگ نامه ها،اطلس ها، فرهنگها، اطلسها، راهنماها، نمايه ها، سالنامه ها، كتابشناسي ها، و همچنین بعضی از کتب نفیس در این بخش قرار دارند.
قاصدک (بخش کودک و نوجوان):
مخزن کتاب و سالن مطالعه قاصدک، از سال 1393 برای استفاده کودکان و نوجوانان عزیز، راه اندازی شد. درحال حاضر این مخزن با بیش از سه هزار عنوان کتاب آماده خدمت رسانی به این عزیزان است. برای استفاده از خدمات بخش قاصدک، کودکان و نوجوانان عزیز (زیر 16سال) می توانند در این بخش ثبت نام کرده و از امکانات آن استفاده کنند. از آنجایی که والدین نیز می توانند به همراه کودکان در بخش قاصدک حضور داشته باشند، این امکان فراهم شده که این عزیزان بتوانند از حدود 500 کتاب تربیتی مخصوص والدین در این قسمت استفاده کنند.
مخزن کتب نفیس و موزه: (به زودی)
از آنجایی که بسیاری از کتابهای موجود در کتابخانه از کتب نفیس و کمیاب هستند، تصمیم برآن شده است که این کتب در مخزنی جداگانه نگه داری و برای مطالعه در محل کتابخانه در اختیار علاقه مندان قرار گیرد.